A Assembleia Geral (AG) é o órgão máximo de decisão e conciliação do PanAfGeo+. Fornece orientação estratégica ao programa e discute assuntos de interesse comum a todos os parceiros. A AG analisa e decide sobre propostas submetidas pelo Comité de Gestão e serve como fórum de diálogo entre parceiros europeus e africanos.
A Assembleia Geral é presidida pelo Serviço Geológico de França (BRGM), enquanto Coordenador do Programa, e reúne representantes das instituições parceiras europeias e africanas, incluindo a EuroGeoSurveys (EGS), a Organização dos Serviços Geológicos Africanos (OAGS), a liderança dos Pacotes de Trabalho e representantes da União Europeia.